С 1988 года команда именуется "Томью", и приблизительно в эти годы стал закладываться фундамент команды, которая в 90-е годы вернула Томску былой авторитет и стала флагманом футбола за Уралом. Главному тренеру Борису Фальковскому удалось подобрать молодых и талантливых исполнителей (Виктор Себелев, Валерий Коновалов, Дмитрий Кудинов, Александр Дробешкин), и они при поддержке опытной обороны во главе с голкипером Сергеем Краснослободцевым демонстрировали интересную динамичную игру, а в 1990 году возглавляли турнирную таблицу после первого круга. Однако команде не хватало стабильности, предельно коротка была скамейка запасных, а главное, у "Томи" не было нормальной финансовой, материально-технической, да просто тренировочной базы. У клуба не было ни помещений, ни раздевалок; не удивительно, что стабильно держаться в лидерах томичам не удавалось. Однако постепенно "Томь" набирала силу.